Theo đà phát triển của khoa học, càng đi sâu nghiên cứu người ta càng nhận ra mối quan hệ qua lại mật thiết giữa khoa học tự nhiên và khoa học xã hội, trong đó sự chi phối của tư tưởng triết học duy vật biện chứng là hết sức sâu sắc. YHCT là một khoa học tự nhiên cổ xưa có lịch sử phát sinh, phát triển ứng dụng lâu đời. Mặc dù còn nhiều điểm hết sức thô sơ nhưng lý luận của YHCT đã mang trong mình có khá nhiều quy luật của triết học duy vật biện chứng. Mối quan hệ mật thiết giữa y lý của YHCT và tư tưởng triết học duy vật biện chứng đã thực sự trở thành hạt nhân, là cơ sở của sinh lý học, bệnh lý học và biện chứng luận trị của YHCT.

1. Lý luận của YHCT và khái niệm hiện tượng, bản chất của triết học.

     Bản chất là quy luật bên trong của sự vật, hiện tượng là biểu hiện bên ngoài của bản chất. Bản chất có đặc tính nội tại, quyết định và tương đối cố định. Hiện tượng có đặc tính ngoại tại, phong phú, sinh động và dễ biến đổi. Bản chất quyết định hiện tượng, hiện tượng là biểu diễn của bản chất. Hiện tượng được con người cảm nhận trực tiếp biểu hiện của bản chất. Hiện tượng được con người cảm nhận trực tiếp thông qua các giác quan còn bản chất chỉ có thể được nắm bắt bằng tư duy trừu tượng. Nhiệm vụ của khoa học là thông qua các hiện tượng của sự vật khách quan mà thấy rõ bản chất của sự vật khách quan mà thấy rõ bản chất của sự vật.

     YHCT coi mỗi con người là một tiểu vũ trụ, một thực thể thống nhất. Những hiện tượng sinh lý, biểu hiện bệnh lý lâm sàng, những phản ứng đối với phương pháp trị liệu đều là những hiện tượng bên ngoài của "hộp đen" nhân thể. Ví dụ trong chứng bệnh Tỳ hư thì tỳ khí hư suy là bản chất, còn các chứng trạng biểu hiện ra bên ngoài như chán ăn mệt mỏi, đầy bụng, chậm tiêu, đi lỏng... là các hiện tượng phản ánh bản chất. Thông qua việc nhận biết các hiện tượng bên ngoài, qua quá trình phân tích, tổng hợp, tư duy trừu tượng, người ta mới nhận thức được bản chất của chứng bệnh Tỳ hư ở bên trong. Các nhà nghiên cứu Trung Quốc trên cơ sở lý luận này đã đưa ra mô hình "hộp đen". Đó là một hệ thống lý luận rất đặc sắc và sáng tạo.
     Vì bản chất là nhân tố quyết định sự phát sinh và phát triển của sự vật cho nên bản chất phải mục tiêu cần tìm hiểu và giải quyết. Tư tưởng chỉ đạo :trị bệnh tất cầu kỳ bản" (chữa bệnh phải biết được nguồn gốc và bản chất của bệnh) của YHCT chính là sự thê hiện sâu sắc mối quan hệ giữa bản chất và hiện tượng của sự vật, là nguyên tắc cơ bản để giải quyết tình trạng bệnh lý.

2. Lý luận YHCT và quy luật đối lập và thống nhất.

     Trong YHCT, học thuyết âm dương chính là sự vận dụng cụ thể của quy luật đối lập thống nhất của triết học. Nội kinh viết: "Nhân sinh hữu hình, bất ly âm dương". Âm và dương là hai mặt đối lập nhưng lại thống nhất trong một chỉnh thể của sự vật. Chúng nương tựa và chuyển hoá lẫn nhau, tạo điều kiện cho sự vật sinh trưởng và phát triển. Chúng cấu thành hình thể cũng như duy trì hoạt động sống của con người. Trong trạng thái sinh lý, âm dương mất cân bằng. Cơ thể con người trong quá trình biến đổi không ngừng của âm dương liên tục tạo nên những cân bằng mới, hoàn thành hoạt động sinh mạng "sinh, trưởng, lão, tử" của mình.
     YHCT cho rằng các hiện tượng sinh lý, bệnh lý bên ngoài "hộp đen" nhân thể chính là sự phản ánh của quá trình vận động âm dương. Cấu trúc giải phẫu thuộc âm, công năng sinh lý thuộc dương. Cấu trúc cơ thể là cơ sỏ của công năng sinh lý và công năng sinh lý làm cho cấu trúc vật chất có thể hoạt động được và liên tục thay cũ đổi mới. Hai mặt tuy mâu thuẫn đối lập nhau nhưng lại thống nhất, dựa vào nhau cùng tồn tại và phát triển. Quá trình sinh trưởng, phát dục của con người là quá trình thể hiện sự phát triển của cả âm và dương. Sự già nua, bệnh tật và cái chết cũng là quá trinhg thể hiện sự suy tàn và mất cân bằng âm dương. Suy cho cùng, cân bằng động giữa âm và dương, nói theo thuật ngữ YHCT là "âm bình dương bí", là yếu tố cực kỳ quan trọng quyết định sinh mạng con người. Đó cũng chính là biểu hiện sinh động và cụ thể của quy luật thống nhất giữa hai mặt đối lập của phép duy vật biện chứng.

3. Chính khí là nội nhân của "hộp đen" nhân thể.

     Sự thống nhất biện chứng giữa nội nhân (nhân tố bên trong) và ngoại nhân (nhân tố bên ngoài) cũng là một bộ phận cấu thành trọng yếu của phép duy vật biện chứng. Trong đó, nội nhân là yếu tố căn bản quyết định tính chất và phương hướng phát triển của sự vật, ngoại nhân là điều kiện, thông qua nội nhân, có tác dụng thúc đẩy, hỗ trợ quá trình phát triển và biến hoá của sự vật khách quan.

                                    
    Từ xa xưa, YHCT đã cho rằng chính khí hư suy (sức đề kháng của cơ thể suy giảm) là nội nhân cơ bảnh của sự phát sinh, phát triển bệnh tật, còn ngoại nhân là tà khí (nhân tố gây bệnh từ bên ngoài). Vì thế, Nội kinh viết: "Tà chỉ sở tấu, kỳ chính tất hư" (mầm bệnh xâm nhập được vào cơ thể là do sức đề kháng suy giảm) hay : chính khí tồn nội, tà bất khả can" (cơ thể có sức đề kháng tốt thì mầm bệnh không thể xâm hại được). Một khi chính khí hư suy sẽ làm cho khí huyết giảm sút, công nang của các tạng phủ bị rối loạn, sự quân bình âm dương bị phá vỡ mà hình thành nên bệnh thái hư chứng. Đồng thời, nhân đó tà khí bên ngoài thừa cơ xâm nhập hoặc giả từ bên trong phát sinh tạo nên bệnh cảnh chính hư, tà thực.
     Chính khí và tà khí trong "hộp đen" nhân thể đấu tranh quyết liệt quyết định xu hướng phát triển và tính chất của chứng hậu bệnh lý. Trong đó, chính khí là nội nhân và cũng là nhân tố quyết định. Nội kinh viết: "Tà khí thịnh tắc thực, tinh khí đoạt tắc hư". "Tà khí thịnh" thực tế là tà và chính đều thực, :tinh khí đoạt" tức là chính khí hư suy. Trong thực tiễn lâm sàng, YHCT luôn luôn chú trọng đặc biệt đến việc bảo vệ và nâng cao chính khí bằng nhiều biện pháp khác nhau từ ăn uống, thuốc men đến tập luyện khí công dương sinh, châm cứu, xoa bóp bấm huyệt, coi đó là nguyên tắc tối cao trong công cuộc phòng chống bệnh tật.

4. YHCT và mâu thuẫn giữa tính phổ biến và tính đặc thù.

     Phép duy vật biện chứng cho rằng: cái tồn tại trong toàn bộ quá trình phát triển của mọi sự vật hiện tượng gọi là tính phổ biến, tính chung, còn tính đặc thù là tính cụ thể, tính đang dạnh quyết định sự khác biệt của sự vật. tính phổ biến và tính đặc thù tuy bất đồng nhưng lại có quan hệ tương hỗ, thống nhất biện chứng với nhau. Cả hai tạo nên một thế giói tuy không có những sự vật hoàn toàn khác nhau nhưng cũng không có sự vật nào hoàn toàn giống nhau.

     Lý luận của YHCT cũng đề cập đến mâu thuẫn giữa tính phổ biến và tính đặc thù. Lấy thời bệnh ngoại cảm làm ví dụ: đây là bệnh có nhiều thể loại khác nhau, giữa chúng có những đặc tính chung và riêng. Tính chung là: bệnh đều do cảm phải ngoại tà, có liên quan đến thời tiết khí hậu,, biểu hiện lâm sàng phần lớn bắt đầu từ biểu chứng (phần bên ngoài) rồi chuyển sang giai đoạn lý chứng (phần bên trong)... Đồng thời mỗi loại bệnh ngoại cảm lại có những đặc tính riêng hình thành nên bản chất dặc trưng. Ví dụ giữa cảm phong hàn và cảm phong nhiệt các triệu chứngbiểu hiện như phát sốt, sợ gió, sợ rét, họng đau, miệng khô, tính chất mạch, tính chất mồ hôi... cũng không giống nhau. Đó là chưa kể đến chỉ riêng một loiạ bệnh phát sinh vào thời điểm khác nhau, điều kiện sinh hoạt và thể chất người bệnh khác nhau cũng có nhiều điểm không giống nhau. Đây chính là cơ sở của phép biện chứng và biện bệnh trong YHCT, hình thành nguyên tắc "đồng bệnh dị trị" (bệnh giống nhau nhưng trị liệu khác nhau) và "dị bệnh đồng trị" (bệnh khác nhau nhưng trị liệu giống nhau).

5. Biện chứng luận trị và phép duy vật biện chứng.

    Biện chứng luận trị và đặc điẻm và phương pháp cơ bản để nhận thức và trị liệu bệnh tật của YHCT. Biện chứng là trên cơ sở nắm bắt được các hiện tượng bên ngoài của "hộp đen" nhân thể mà tiến hành phân tích, tổng hợp, phán đoán nguyên nhân, tính chất, vị trí của bệnh, xác định loại chứng hậu, từ đó nhận thức được bản chất mâu thuẫn âm dương bên trong "hộp đen". Luận trị là căn cứ trên các kết luận biện chứng mà xác định phương pháp và nguyên tắc trị liệu cụ thể.

                                      
     Biện chứng luận trị chính xác chính là đã vận dụng thành công các quy luật của phép biện chứng duy vật, thể hiện cụ thể ở mấy điểm sau đây:
     - Đã xử lý đúng đắn mối quan hệ chủ, thứ giữa nội nhân và ngoại nhân, trong đó đặc biệt chú ý đến tính trọng yếu của chính khí. Nội nhân là căn cứ phát sinh và phát triển bệnh tật, ngoại nhân là điều kiện tạo nên bệnh tật. Trong quan hệ chính tà, chính khí thuộc nội nhân, tà khí thuộc ngoại nhân. Chính khí vượng thịnh, bệnh khong thể phát sinh hoặc có phát sinh thì cũng nhẹ và dễ chữa. Bởi thế, điều cốt yếu trong biện chứng là phải xác định cho được tình trạng hư thực của chính khí, trong luận trị là hết sức bảo vệ và khôi phục chính khí.
     - Đã xử lý đúng đắn mối quan hệ giữa cục bộ và toàn thể, tại chỗ và toàn thân. YHCT luôn luôn coi trọng yếu tố toàn thể. Trong biện chứng, điều cốt yếu là phải chú ý cả hai mặt, tránh tình trạng trong phiến diện "nhìn cây mà chẳng thấy rừng". Trong trị liệu, không chỉ chú trọng xử lý bệnh trạng hiện tại mà còn phải dự phòng sự truyền biến, không chỉ điều trị tại chỗ mà còn phải xử lý các bệnh lý nguyên phát toàn thân, hết sức tránh tình trạng "đầu thống y đầu, cước thống y cước" (bệnh ở đầu chỉ chữa ở đầu, bệnh ở chân chỉ chữa ở chân). Trên lâm sàng phải nắm vững quy luật tương sinh, tương khắc mà sử dụng linh hoạt các biện pháp "nội bệnh ngoại trị, ngoại bệnh nội trị" (bệnh trong chữa ngoài, bệnh ngoài chữa trong), "thượng bệnh hạ trị, hạ bệnh thượng trị" (bệnh trên chữa dưới, bệnh dưới chữa trên), "ích thuỷ chế hoả, ích hoả chế thuỷ" (bổ thủy để trị hoả, bổ hoả để trị thuỷ)...
     - Đã xử lý đúng đắn mối quan hệ giữa hiện tượng và bản chất, hết sức chú trọng nguyên tắc "trị bệnh tất cầu kỳ bản". Khái niệm "bản" của YHCT có nội dung tương đối rộng lớn, trong đó bao hàm cả khái niệm "bản chất" của triết học. Mâu thuẫn âm dương bên trong "hộp đen" nhân thể chính là bản chất của bệnh tật được biểu hiện ra bên ngoài bằng các chứng trạng cụ thể. Bản chất là thực nhưng chứng trạng có khi là thực tượng, có khi là giả tượng. trong trị liệu phải hết sức lưu ý loại trừ giả tượng để nhận thức chính xác bản chất của bệnh trạng. Các nguyên tắc trị liệu của YHCT như "chính trị", "phản trị", "cấp tắc trị tiêu, hoẵn tắc trị bản", "tiêu bản kiêm trị"... suy cho cùng đều nhằm giải quyết triệt để mâu thuẫn bản chất của bệnh tật.

     Tóm lại, hệ thống lý luận của YHCT và tư tưởng duy vật biện chứng có một mối quan hệ hết sức mật thiết. Bởi thế, mặc dù khởi nguồn từ rất xa xưa, YHCT phương Đông vẫn tồn tại và phát triển cho đến ngày nay trải qua muôn biến cố của thời gian và thăng trầm của lịch sử. Có hiểu được sâu sắc điều này thì người ta mới có đủ lòng tinh và nghị lực để tiếp tục nghiên cứu, kế thừa và phát triển YHCT lên những tầm cao mới trong tương lai.